Il vous est certainement déjà arrivé de constater des résultats apparemment incohérents entre l’examen des urines et l’uroculture : un aspect microscopique du sédiment urinaires qui ne correspond pas aux résultats bactériologiques. Pourtant, ces discordances peuvent avoir plusieurs explications médicales et scientifiques.

Une infection du tractus urinaire (ITU) correspond à l’atteinte des mécanismes de défense de l’hôte par une bactérie virulente, capable d’adhérer, de se multiplier et de persister dans une portion du tractus urinaire.

Les ITU sont le plus souvent d’origine bactérienne, mais des champignons ou des virus peuvent également en être responsables.

L’infection peut toucher un site unique comme le rein (pyélonéphrite), l’uretère (urétérite), la vessie (cystite), l’urètre (urétrite), et parfois des organes génitaux comme la prostate (prostatite) ou le vagin (vaginite).

Elle peut être symptomatique ou non, avec des signes cliniques qui justifient alors une investigation approfondie : pollakiurie, strangurie, hématurie, etc. (Bartges, 2004).

L’analyse d’urine est un test de laboratoire courant permettant d’évaluer les propriétés physiques, chimiques et microscopiques des urines.

L’uroculture est un examen bactériologique visant à détecter les agents étiologiques responsables d’infections urinaires, les isoler, évaluer leur charge microbienne, effectuer un antibiogramme, et analyser les causes de récidive ou de résistance.

L’analyse du sédiment urinaire constitue une étape essentielle de l’examen d’urine. Après centrifugation, le dépôt est observé au microscope pour identifier les éléments pathologiques éventuels.

En conditions physiologiques, le sédiment est pauvre, composé de quelques cellules de désquamation, leucocytes ou hématies isolées.

L’interprétation de l’uroculture doit être confrontée aux résultats cytologiques du sédiment et intégrée dans le contexte clinique global.

De nombreux microorganismes susceptibles de coloniser le tractus urinaire sont également des commensaux du tube digestif, de l’appareil uro-génital ou de la peau.

Dans ce contexte, la présence, en quantité significative (exprimée en UFC/mL), d’un isolat bactérien issu d’une uroculture réalisée sur un prélèvement par cystocentèse, associée à une pyurie (forte concentration de neutrophiles dans le sédiment) est hautement suggestive d’une infection urinaire.

Peut-on obtenir un sédiment négatif avec une culture positive ?

Oui, et plusieurs causes peuvent l’expliquer :

  • Charge bactérienne trop faible pour être visible au microscope
  • Excès de cellules masquant la présence de bactéries
  • Contaminations éventuelles
  • Limites de résolution de l’observation microscopique par rapport à la culture, qui permet la croissance et l’identification morphologique et biochimique des germes présents

Comment expliquer un sédiment urinaire positif alors que l’examen bactériologique est négatif ?

L’absence de croissance bactérienne en culture, malgré une bactériurie observée au microscope, peut s’expliquer par plusieurs facteurs :

  • Présence de substances inhibitrices dans les urines : un traitement antibiotique en cours ou la présence de désinfectants chimiques peuvent rendre les bactéries « non viables ». Or, seules les bactéries vivantes et capables de se multiplier sont détectables en culture.
  • Présence de pus et/ou de cellules inflammatoires : les enzymes lysosomiaux des neutrophiles ou la phagocytose bactérienne peuvent inhiber la croissance des germes.
  • Charge bactérienne trop faible : en dessous du seuil de détection de la culture.
  • Mauvais ratio acide borique/urine : lorsqu’un délai d’analyse est inévitable et que la réfrigération n’est pas possible, l’utilisation de tubes pré-remplis avec un conservateur tel que l’acide borique est recommandée. Ce conservateur stabilise la concentration bactérienne en empêchant leur prolifération ou leur lyse.
    Attention : il est essentiel de respecter le volume d’urine indiqué sur le récipient. Un rapport inadéquat (trop peu d’urine par rapport à la quantité de borate) peut inhiber la croissance des bactéries en culture.
  • Erreurs de transport ou de conservation : y compris des variations de température pendant l’acheminement du prélèvement.
  • Bactéries à croissance lente ou exigeante : comme certains anaérobies ou germes nécessitant plus de 48 à 72 heures pour se développer.
  • Présence de bactéries anaérobies non recherchées : si le prélèvement a été exposé à l’oxygène ou si l’examen n’a pas spécifiquement inclus la recherche d’anaérobies. Pour une détection complète, il est conseillé de demander une uroculture complète (incluant bactéries aérobies, anaérobies et levures).
  • Prélèvement inadéquat : volume insuffisant, contamination du prélèvement, méthode de recueil inappropriée.
  • Artefacts microscopiques mal interprétés : certaines structures (gouttelettes lipidiques, cristaux amorphes, débris cellulaires, organites cytoplasmiques…) peuvent être confondues avec des bactéries lors de l’examen microscopique du sédiment.

Dans ce cas, un examen cytologique du sédiment urinaire peut s’avérer très utile. Il permet une meilleure caractérisation morphologique et peut aider à écarter une fausse bactériurie (Soares et al., 2024).

Examen cytologique du sédiment urinaire après coloration : nombreux leucocytes en lyse et grande quantité de bactéries basophiles.

 


Bonnes pratiques de prélèvement

Un prélèvement adapté est essentiel pour éviter les résultats discordants.

  1. Privilégier la cystocentèse : méthode la plus fiable pour réduire le risque de contamination.
  2. Quantité suffisante pour permettre un dénombrement précis en UFC/mL.
  3. Utiliser un tube avec acide borique pour stabiliser la charge microbienne sans réfrigération.
  4. Identifier correctement le prélèvement avec les données du patient et le contexte clinique : début, durée, progression des symptômes, traitements en cours, résultat cytologique, etc.

Idéalement, l’uroculture doit être réalisée avant la mise en place d’un traitement antibiotique. Si ce n’est pas possible, le test reste réalisable mais il faudra tenir compte d’une possible inhibition de croissance. En fin de traitement, il est recommandé d’attendre 7 à 10 jours avant de contrôler l’uroculture.

 

Références

  • Bartges J.W., 2004. Diagnosis of urinary tract infections. Vet Clin Small Anim 34: 923–933.
  • Soares A.B.U. et al., 2024. Are stained and unstained methods of urine sediment from dogs in accordance with microbiological culture?, Ciência Rural, v.54:04, e20230129.

Giulia Frossini, Biotechnologiste vétérinaire, Service de Microbiologie MYLAV
Marta Medardo, DMV, Dipl. ECVM, Responsable du Service de Microbiologie MYLAV

 

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