L\u2019estomac<\/strong> des chiens n\u2019h\u00e9berge que quelques types de bact\u00e9ries r\u00e9sistantes \u00e0 l\u2019environnement acide, dont Helicobacter et, dans une moindre mesure, les lactobacilles ; l\u2019intestin gr\u00eale<\/strong> est colonis\u00e9 par des bact\u00e9ries a\u00e9robies ou ana\u00e9robies facultatives (Prot\u00e9obact\u00e9ries), tandis que dans le c\u00f4lon<\/strong>, ce sont les bact\u00e9ries ana\u00e9robies strictes (Clostridia, Bacteroides, Fusobacterium<\/em>) qui pr\u00e9dominent.<\/p>\n Chaque individu a une composition unique et particuli\u00e8re du microbiome, bien qu\u2019il existe de nombreuses similitudes entre les humains et les animaux vivant dans des conditions \u00e9pid\u00e9miologiques similaires.<\/p>\n Malgr\u00e9 ces diff\u00e9rences phylog\u00e9n\u00e9tiques, les produits finaux<\/strong> m\u00e9taboliques du microbiome gastro-intestinal sont similaires d\u2019un individu \u00e0 l\u2019autre. (Handl 2011).<\/p>\n Le microbiote intestinal interagit avec l\u2019h\u00f4te de mani\u00e8re bidirectionnelle, dynamique et variable, selon un mod\u00e8le de symbiose mutualiste dans lequel les deux composantes (animale et microbienne) b\u00e9n\u00e9ficient en termes de bien-\u00eatre et de survie. Il s’agit en fait d’un v\u00e9ritable organisme<\/strong> qui interagit principalement, mais pas exclusivement, avec le syst\u00e8me gastro-intestinal (Baquero 2012)<\/p>\n Le grand nombre de g\u00e8nes identifi\u00e9s dans le microbiome (environ 3,3 millions) repr\u00e9sente le patrimoine g\u00e9n\u00e9tique variable du chien ou de l’homme; sa grande capacit\u00e9 \u00e0 s’adapter \u00e0 des besoins \u00e9volutifs changeants au fil du temps, l’a fait d\u00e9finir comme \u00ab adaptome<\/strong> \u00bb. Selon de nombreux auteurs, cet adaptome a jou\u00e9 un r\u00f4le fondamental dans l’\u00e9volution de l’homme et des animaux et est un acteur cl\u00e9 dans le monde complexe de l’\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique. <\/p>\n \u00c0 ce jour, il n’est pas possible de d\u00e9finir ce qu’est un microbiome \u00ab normal \u00bb, car chaque individu poss\u00e8de un ensemble tr\u00e8s personnel de micro-organismes, acquis d\u00e8s la naissance, qui persiste tout au long de sa vie, subissant des changements li\u00e9s \u00e0 des \u00e9v\u00e9nements physiologiques, paraphysiologiques et pathologiques tels que le vieillissement, les changements de r\u00e9gime alimentaire et les maladies. La colonisation des surfaces muqueuses et cutan\u00e9es nouveau-n\u00e9 se produit d\u00e9j\u00e0 \u00e0 la naissance et subit des variations li\u00e9es \u00e0 l’accouchement (naturel, par c\u00e9sarienne) et \u00e0 des facteurs environnementaux (maison, famille et animaux cohabitants).<\/p>\n Les grandes transitions de la vie sont aussi cruciales pour l’h\u00f4te que pour le microbiote. Par exemple, lors du sevrage chez le chien, le passage progressif d’une alimentation lact\u00e9e \u00e0 une alimentation solide favorise l’abondance des Bacteroidetes<\/strong> ( 1 % d’abondance \u00e0 2 jours et 39 % \u00e0 2 mois) qui d\u00e9gradent les polysaccharides et des Fusobacteria<\/strong>, qui permettent la fermentation des prot\u00e9ines et des acides amin\u00e9s en produisant des Acides Gras \u00e0 Petites Cha\u00eenes (AGPC).<\/p>\n La richesse en esp\u00e8ces microbiennes (biodiversit\u00e9) dans les f\u00e8ces des chiots augmente significativement de l’\u00e2ge de 2 jours jusqu’\u00e0 52 semaines (Guard 2017), alors que peu ou pas de changement dans la diversit\u00e9 microbienne a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9 chez les chiens \u00e2g\u00e9s de 3 mois \u00e0 12 ans (You 2021) ; cela pourrait sugg\u00e9rer, de mani\u00e8re similaire \u00e0 ce qui se passe chez l’homme, que la biodiversit\u00e9 du microbiote des chiots augmente pendant la p\u00e9riode postnatale, se stabilise quelques mois apr\u00e8s le sevrage, puis d\u00e9cline lentement une fois qu’ils sont plus \u00e2g\u00e9s.<\/p>\n Cette synth\u00e8se temporelle permet de souligner l’importance de la phase n\u00e9onatale et du jeune \u00e2ge dans la structuration d’un microbiome riche en biodiversit\u00e9 et en complexit\u00e9. Le microbiote basal, qui, selon plusieurs experts, se forme dans les 4 \u00e0 6 premiers mois chez le chien, est appel\u00e9 \u00ab microbiome de base \u00bb. C’est pr\u00e9cis\u00e9ment \u00e0 ce stade que ce que le chien vit, mange ou subit peut d\u00e9terminer en grande partie son \u00e9tat de sant\u00e9 futur, voire sa vuln\u00e9rabilit\u00e9.<\/p>\n Il est n\u00e9cessaire de souligner aux propri\u00e9taires, aux \u00e9leveurs et aux v\u00e9t\u00e9rinaires l’importance cruciale de soutenir et de d\u00e9fendre le microbiome \u00e0 ce stade. Au contraire, la diminution de la richesse du microbiote intestinal avec le vieillissement est un \u00e9v\u00e9nement physiologique (Mizukami 2019).<\/p>\n Il convient \u00e9galement d\u2019insister sur la relation entre l’alimentation et le microbiote qui reste centrale tout au long de la vie. Par exemple, le microbiote est crucial pour l’\u00e9tablissement de ce que l’on appelle la \u00ab tol\u00e9rance orale \u00bb, une condition qui influence la sensibilit\u00e9 d’un patient \u00e0 des troubles immunitaires tels que l’atopie ou les ent\u00e9ropathies inflammatoires chroniques.<\/p>\n En outre, le microbiote, comme tout organe, a une s\u00e9rie de r\u00f4les<\/strong>, de fonctions et d’interactions tr\u00e8s divers dans diff\u00e9rents domaines : m\u00e9tabolique<\/strong> (p.ex., conversion des acides biliaires), d\u00e9fensif<\/strong> (p.ex., comp\u00e9tition et r\u00e9sistance aux pathog\u00e8nes, constituant essentiel de la barri\u00e8re intestinale), trophique<\/strong> (p.ex., synth\u00e8se de la vitamine B et K, production d\u2019acides gras \u00e0 courte chaine -SCFA), immunologique<\/strong> (p.ex, tol\u00e9rance orale) et neuroendocrinien<\/strong> (p.ex., GABA, r\u00e9gulation de la motilit\u00e9 et de la s\u00e9cr\u00e9tion intestinales). <\/p>\n Le concept d’eubiose et de dysbiose permet l\u2019\u00e9valuation quantitative du microbiote.<\/p>\n L’Eubiose<\/strong> fait r\u00e9f\u00e9rence \u00e0 l’\u00e9quilibre harmonieux qualitatif et quantitatif des composants du microbiome, qui se traduit par une coop\u00e9ration m\u00e9tabolique et immunologique positive avec l’h\u00f4te.Ce partenariat am\u00e9liore la fonction gastro-intestinale, optimise l’apport nutritionnel, et module la r\u00e9activit\u00e9 immunitaire et l’inflammation intestinale et syst\u00e9mique.<\/p>\n La Dysbiose<\/strong>, quant \u00e0 elle, fait r\u00e9f\u00e9rence \u00e0 une alt\u00e9ration structurelle du microbiome en termes de composition et de fonctionnalit\u00e9 (exc\u00e8s de pathobiontes, diminution ou perte de bact\u00e9ries commensales dont l\u2019action est b\u00e9n\u00e9fique, perte s\u00e9lective de certaines souches sp\u00e9cifiques, alt\u00e9ration du profil du microbiote adh\u00e9rant \u00e0 la muqueuse, etc.)<\/p>\n Il est important de souligner que ces concepts n’ont pas de limites pr\u00e9cises, nettes et superposables entre les individus appartenant \u00e0 des esp\u00e8ces diff\u00e9rentes et\/ou \u00e0 des individus diff\u00e9rents de la m\u00eame esp\u00e8ce. Le seuil de modification au-del\u00e0 duquel on peut parler de dysbiose est variable et il n\u2019y a pas encore de consensus sur la composition bact\u00e9rienne id\u00e9ale et eubiotique qui permette de d\u00e9finir un \u00e9tat alt\u00e9r\u00e9.<\/p>\n La propension \u00e0 d\u00e9velopper une dysbiose intestinale d\u00e9pend des caract\u00e9ristiques et de la stabilit\u00e9 du \u00ab microbiome central \u00bb, qui conserve n\u00e9anmoins une grande capacit\u00e9 \u00e0 r\u00e9tablir sa configuration initiale (r\u00e9silience<\/strong>) apr\u00e8s avoir subi un \u00e9v\u00e9nement perturbateur.<\/p>\n Comment d\u00e9crire et \u00e9valuer l’\u00e9tat du microbiome ? Pour la plupart des organes abdominaux, nous disposons d’analyses clinico-pathologiques et de m\u00e9thodes d’imagerie indirecte; pour l’analyse du microbiome, nous nous appuyons sur ce que l’on appelle les \u00ab sciences omiques \u00bb (m\u00e9tag\u00e9nomique, m\u00e9tabolomique, prot\u00e9omique et transcriptomique), qui reposent sur des concepts bio-informatiques avanc\u00e9s et sur une instrumentation analytique complexe qui \u00e9tait inaccessible il y a encore quelques ann\u00e9es. <\/p>\n L’analyse m\u00e9tag\u00e9nomique<\/strong> est bas\u00e9e sur l’\u00e9tude d’un ensemble de s\u00e9quences d’ADN provenant de diff\u00e9rents micro-organismes.<\/p>\n La technologie du s\u00e9quen\u00e7age de nouvelle g\u00e9n\u00e9ration<\/strong> permet d’identifier les communaut\u00e9s microbiennes intestinales par l\u2019analyse des r\u00e9gions variables V2-V4-V8 et V3-V6\/7-V9 du g\u00e8ne codant pour l’ARN 16S, qui est pr\u00e9sent chez toutes les bact\u00e9ries et donc utilisable comme crit\u00e8re de classification. Cependant, le principal facteur pr\u00e9-analystique qui affecte les r\u00e9sultats est la collecte de la matrice. En effet, il est important de collecter la matrice dans un tube \u00e0 essai appropri\u00e9, contenant un milieu sp\u00e9cifique afin de pr\u00e9server les acides nucl\u00e9iques microbiens \u00e0 analyser par la technique NGS.,<\/p>\n Compte tenu des r\u00f4les multiples que joue le microbiome intestinal dans les conditions physiologiques et pathologiques, son analyse n’a pas seulement une valeur sp\u00e9culative, mais repr\u00e9sente un v\u00e9ritable horizon d’un point de vue th\u00e9rapeutique.<\/p>\n La \u00ab modulation du microbiote \u00bb est d\u00e9j\u00e0 pratiqu\u00e9e, bien que de mani\u00e8re quelque peu grossi\u00e8re et empirique, par l’utilisation de probiotiques, de pr\u00e9biotiques, de symbiotiques, d’antibiotiques et de transplantations f\u00e9cales.<\/p>\n Les industries pharmaceutiques ont depuis des ann\u00e9es plac\u00e9 la bioprotique et la modulation du microbiome au centre de leurs recherches; elles visent \u00e0 identifier des aides th\u00e9rapeutiques capables de corriger des sch\u00e9mas dysbiotiques sp\u00e9cifiques li\u00e9s \u00e0 diff\u00e9rents types de patients et de maladies. Nous sommes probablement au d\u00e9but d’une nouvelle \u00e8re dans la prise en charge des patients gastro-ent\u00e9riques.<\/p>\n Jan Suchodolski, Jennifer Camacho, J\u00f6rg M. Steiner, Analysis of bacterial diversity in the canine duodenum, jejunum, ileum, and colon by comparative 16S rRNA gene analysis, FEMS Microbiology Ecology, Volume 66, Version 3, D\u00e9cembre 2008<\/p>\n Honneffer, J.B., Steiner, J.M., Lidbury, J.A. et al. Variation of the microbiota and metabolome along the canine gastrointestinal tract. Metabolomics 13, 26 2017.<\/p>\n Guard BC, Mila H, Steiner JM, Mariani C, Suchodolski JS, Chastant-Maillard S. Characterization of the fecal microbiome during neonatal and early pediatric development in puppies. PLoS ONE. (2017)<\/p>\n You I., Kim M.J. Comparison of Gut Microbiota of 96 Healthy Dogs by Individual Traits: Breed, Age, and Body Condition Score. Animals 2021, 11, 2432.<\/p>\n Mizukami K, Uchiyama J, Igarashi H, Murakami H, Osumi T, Shima A, et al. Age-related analysis of the gut microbiome in a purebred dog colony. FEMS Microbiol Lett. (2019)<\/p>\n Pilla R., Suchodolsky J.S. The Gut Microbiome of Dogs and Cats, and the Influence of Diet Vet Clin Small Anim 51 (2021) 605-621<\/p>\n Garrigues Q, Apper E, Chastant S and Mila H (2022) Gut microbiota development in the growing dog: A dynamic process influenced by maternal, environmental and host factors. Front. Vet. Sci. 9:964649.<\/p>\n Pilla R and Suchodolski JS (2020) The Role of the Canine Gut Microbiome and Metabolome in Health and Gastrointestinal Disease. Front. Vet. Sci. 6:498<\/p>\n Kalenyak K, Isaiah A, Heilmann RM, Suchodolski JS, Burgener IA. Comparison of the intestinal mucosal microbiota in dogs diagnosed with idiopathic inflammatory bowel disease and dogs with food-responsive diarrhea before and after treatment. FEMS Microbiol Ecol. (2018)<\/p>\n Enrico Bottero<\/strong>, Med. Vet., expert en gastroent\u00e9rologie de Mylav Nous entendons de plus en plus parler du microbiome et du microbiote, tant en m\u00e9decine […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"inline_featured_image":false,"footnotes":""},"categories":[1154,1152],"tags":[],"class_list":["post-25791","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-digestif","category-genetique"],"acf":[],"yoast_head":"\n![\"Distribution](\"https:\/\/www.mylav.net\/wp-content\/uploads\/2022\/12\/blog_microbiota_microbioma_fr.png\")
R\u00e9f\u00e9rences :<\/h5>\n
\nPietro Ruggiero<\/strong>, Med. Vet., expert en gastroent\u00e9rologie de Mylav
\nMichele Marino<\/strong>, Biol. Mol., Responsable du service de Biologie Mol\u00e9culaire et g\u00e9n\u00e9tique de Mylav
\nWalter Bertazzolo<\/strong>, Med. Vet. EBVS European Specialist in Veterinary Clinical Pathology (Dipl. ECVCP) ; Directeur scientifique de MYLAV\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"